1巻　

• 医者はどこだ
• 海のストレンジャー
• ミユキとベン
• アナフィラキシー
• 人間鳥
• 海賊の腕
• ふたりの修二
• 鬼子母神の息子

２巻

• ナダレ
• 畸形嚢腫
• ピノコ愛してる
• その子を殺すな!
• 雪の夜ばなし
• ダーティー・ジャック
• ピノコ再び
• とざされた記憶
• 二度死んだ少年

３巻

• 木の芽
• 発作
• 血がとまらない
• 誘拐
• 万引き犬
• パク船長
• 白葉さま
• ときには真珠のように
• 獅子面病
• 閉ざされた三人

４巻

• 焼け焦げた人形
• しずむ女
• ピノコ生きてる
• ある教師と生徒
• ２人のジャン
• 誤診
• 目撃者
• 赤ちゃんのバラード
• 純華飯店
• からだが石に【初版は「植物人間」重版途中からの差し換え】

５巻

• めぐり会い
• 人面瘡
• にいちゃんをかえせ!!
• 二つの愛
• はるかなる国から
• 白いライオン
• 電話が三度なった
• ピノコ還る
• アリの足

６巻

• 針
• 灰色の館
• 化身
• ブラッククイーン
• ちぢむ!!
• えらばれたマスク
• のろわれた手術
• なんという舌
• イレズミの男
• 水頭症

7巻

• シャチの詩
• スター誕生
• コルシカの兄弟
• オオカミ少女
• ハローＣＱ
• ピノコ・ラブストーリー
• 地下壕にて
• デベソの達
• おばあちゃん
• ガス

8巻

• ストラディバリウス
• 灰とダイアモンド
• 魔王大尉　【ほぼ改題のみ。原題「悪魔」】
• ネコと庄造と
• 友よいずこ
• サギ師志願
• 報復
• かりそめの愛を
• 古和医院
• 道すがら

９巻

• タイムアウト
• なにかが山を
• ふたりの黒い医者
• 水とあくたれ
• 犬のささやき
• 絵が死んでいる!
• けいれん
• 帰ってきたあいつ
• 浦島太郎
• 幸運な男

１０巻

• 侵略者
• ディンゴ
• ふたりのピノコ【改題・改作あり原題「緑柱石」】
• 弁があった
• 白い目
• 老人と木
• 曇りのち晴れ
• U-18は知っていた

１１巻

• 病院ジャック
• 座頭医師
• 盗難
• ピノコ西へ行く
• 宝島
• 雪の訪問者
• 火と灰の中
• ９９.9パーセントの水【改題のみ原題「限りなく透明に近い水」】
• ペンをすてろ!
• 空から来た子ども

１２巻

• コマドリと少年
• ホスピタル
• こっぱみじん
• お医者さんごっこ
• 湯治場の二人
• 研修医たち
• 悲鳴
• 落としもの
• 奇妙な関係
• 上と下

１３巻

• 約束
• 春一番
• てるてる坊主
• 助っ人
• 身の代金
• 死への一時間
• 三者三様
• 鯨にのまれた男
• 最後に残る者
• 六等星

１４巻

• 不発弾
• 土砂降り
• 肩書き
• 震動
• ハリケーン
• 二人目がいた
• 小さな悪魔
• 青い恐怖
• 勘当息子

１５巻

• 一ぴきだけの丘
• ある老婆の思い出
• B・J入院す
• デカの心臓
• ゴーストタウンの流れ者
• ハッスルピノコ
• 本間血腫
• 気が弱いシラノ
• がめつい同士
• 終電車

１６巻

• 鳥たちと野郎ども
• クマ
• あるスターの死
• 未来への贈りもの
• 海は恋のかおり
• 二人三脚
• 山猫少年
• 通り魔
• 激流
• ある女の場合

１７巻

• 恐怖菌【改題・改作あり原題「死神の化身」】
• 地下水道
• モルモット
• 消え去った音
• もらい水
• コレラさわぎ
• フィルムは二つあった【改題・改作あり原題「ある監督の記録」】
• 助けあい
• 魔女裁判
• しめくくり

１８巻

• ピノコ・ミステリー
• 山手線の哲
• カプセルを吐く男
• おとうと
• 黒潮号メモ
• あつい夜
• 銃創
• 御意見無用
• 戦場ヶ原のゴリベエ
• 身代わり

１9巻

• 密室の少年
• もう一人のＪ
• 霧
• 失われた青春
• 命のきずな
• 未知への挑戦
• すりかえ
• 闇時計
• 復しゅうこそわが命

２0巻

• 虚像
• 刻印【改題と内容の大幅な改作あり原題「指」】
• やり残しの家
• きたるべきチャンス
• 夜明けのできごと
• 殺しがやって来る
• 裏目
• ポケットモンキー
• 台風一過
• 人生という名のＳＬ

２１巻

• 骨肉
• 動けソロモン
• 浮世風呂
• ブラックジャック病
• 家出を拾った日
• アヴィナの島
• 話し合い
• 再会

２２巻

• されどいつわりの日々
• 望郷
• 満月病
• 小うるさい自殺者
• 人形と警官
• ２０年目の暗示
• きみのミスだ!
• 山小屋の一夜
• B・Jそっくり

２３巻

• 死者との対話
• キモダメシ
• 白い正義
• 猫上家の人々
• 腫瘍狩り
• 過ぎさりし一瞬

２４巻

• オペの順番
• 音楽のある風景
• 命を生ける
• 畸形嚢腫パート２
• 光る目
• ドラキュラに捧ぐ
• 三度目の正直
• 笑い上戸
• 短指症

２５巻

• 後遺症
• おまえが犯人だ!!
• 執念
• 霊のいる風景
• 昭和新山
• リンチ
• 信号
• 戦争はなおも続く
• 流れ作業

《未収録備考》チャンピオンコミックスの未収録作品の補完他のため購入

• 【秋田文庫版ブラックジャック１７巻】「金!金!金」「不死鳥」「おとずれた思い出」　コミックス未収録の３編収録
• BLACKJACK Treasure Book (秋田文庫）「壁」「落下物」２編が収録。他１編に「２人のジャン」収録。
• 「刻印」の改作前作品「指」・「からだが石に」の差し換え前作品「植物人間」完全未収録作品「快楽の座」は国会図書館で閲覧・コピーが可能。

• 注意すべきは「死に神の化身」=改作「恐怖菌」・「ふたりのピノコ」=改作「緑柱石、前後編」・「フィルムは二つあった」=改作「ある監督の記録」の3作品は治療内容など違う点があり、改作前後を読み比べると異なった印象を受けるので未収録と言えば言える。
• その他個人的に購入して良かった本としてBlack Jack illustration museum (秋田文庫)があります。雑誌掲載時の扉絵を全収録してあります。多分カラー絵はそのままカラーで収録されてると思います。同時収録で電力会社のPRアニメ製作〈ブラック・ジャックが出演〉の為のイラストがあります。

「ブラック・ジャック大全集」
2012年９月下旬より毎月刊行、全１５巻。予定価格、各3,675円（税抜き）
《特徴は》
1　「BJ」単行本初の、B5判フルサイズ＆フルカラー。オリジナル原稿使用の、迫力の誌面！
2　永久愛蔵版にふさわしい良質な本文用紙、美麗スリーブケース装！
3　雑誌連載時と同じ掲載順序で、現在可能な限り多くのエピソードを収録！
第28話「指」、第41話「植物人間」、第58話「快楽の座」を除く全エピソードを収録予定。
各話の扉絵、予告カット、口絵なども巻末に収録予定。
◇第46話「死に神の化身」は「恐怖菌」に、第67話「緑柱石」は「ふたりのピノコ」に、第95話「悪魔」は「魔王大尉」に、第146話「限りなく透明に近い水」は「99.9％の水」に、第153話「ある監督の記録」は「フィルムは二つあった」に、それぞれ改題して収録。
◇第179話「メス」は第180話「土砂降り」と併合改題して収録。
◇第28話「指」は、第227話「刻印」に改稿・改題して収録。

うーーむ、これはどう考えるか？内容はこの旧巻の週間少年チャンピオンと、私の未収録備考の二冊を買った内容と変わらない様ですね。付加価値は付くが内容に変化無しなので、私はパスします。まあ、今となっては旧版の入手も困難になりつつあるし、当時の少年雑誌の雰囲気も味わいたいなら（私的には上質紙で味わえるか？ですが）まあ、結局はなんちゃってになるのは仕方ないのでこれから揃える人なら面倒なくて良いかも知れません。しかし、良く判らないのが台詞の変更は元に戻っているのか？です。例の『木の芽』のカタワ発言が戻されているのかどうか？クルクルパーなどという当時の流行の悪口も使われているのか？ですね。悪口は今使われている似たくさい言葉例:アホちゃぅか〜とかwで補えば良いけど、せめてカタワもシンショウ=身体障害者の略、とかで表わされたりしてくれているのだろうか？と気になってます。妄想ですが。